海事處有責任確保抵港的非香港註冊船舶符合不同國際海事公約的規定。為執行這項職能，本處人員按國際海事組織決議 A.1206(34)及東京諒解備忘錄《港口國監督手冊》的規定對抵港船舶進行港口國監督檢查。首次檢查免費。倘發現船舶有嚴重欠妥之處，會根據港口國監督制度扣留船舶，並會把扣船一事通知該船代理人／船東、船級社和船旗國，以及要求他們糾正欠妥之處。一般而言，船舶離港前，必須糾正影響其適航性及／或船員安全及／或損害海洋環境的嚴重欠妥之處。在收到被扣船舶代表的完整申請及覆檢通知後，海事處會安排在下一個工作日或之前進行覆檢，確認船舶的缺陷是否已得到糾正。覆檢工作的費用按小時收費。