海事处有责任确保抵港的非香港注册船舶符合不同国际海事公约的规定。为执行这项职能，本处人员按国际海事组织决议 A.1206(34)及东京谅解备忘录《港口国监督手册》的规定对抵港船舶进行港口国监督检查。首次检查免费。倘发现船舶有严重欠妥之处，会根据港口国监督制度扣留船舶，并会把扣船一事通知该船代理人／船东、船级社和船旗国，以及要求他们纠正欠妥之处。一般而言，船舶离港前，必须纠正影响其适航性及／或船员安全及／或损害海洋环境的严重欠妥之处。在收到被扣船舶代表的完整申请及复检通知后，海事处会安排在下一个工作日或之前进行复检，确认船舶的缺陷是否已得到纠正。复检工作的费用按小时收费。