航运及贸易初期的发展并不理想。1844年开始就进港船只数字作记录，录得538艘，共计189,257吨。其后进港船只数目增长缓慢，于1845年录得672艘，共计226,998吨；1848年录得700艘，共计228,818吨；1849年录得902艘，共计293,465吨。^[18]增长缓慢的原因众多，主因包括海盗、非法鸦片贸易、走私食盐、来自其他条约口岸的竞争，以及广州贸易条件较佳，令中国商人不选择来港等。

1850年有评论指出：「船只自英国驶到香港的原因，仅仅是为等待中介公司的指示，卸下店铺所需的家用商品，以及部分在广州没有即时需求，而最终会运到上海的货物。船只由印度驶往香港只为等待指令，并会旋即北上珠江或其他距离香港大概40英里的鸦片交易点……事实上，香港当时毫无吸引力，并无诱因吸引中国人将货物带到香港交易，或为进行贸易而定居香港」^[19]。

由于外商初期只能于新开放的条约港进行贸易，而香港的本地渔船却能前往任何地方交易，利用渔船把香港发展为贸易中心的想法在初期相当盛行。可是，由于中方于虎门条约中限制该类贸易，殖民地政府对其想法未能实现感到失望。^[20]

香港岛附近水域海盗横行，其中抢劫商船及渔船的徐亚保和十五仔尤为恶名昭著。更有甚者，一些欧洲海员偶尔会与本地海盗联手掠夺船只。海盗船队以香港为基地，本土商店除向他们补给武器及弹药外，亦向他们提供运输贵重货品的商船资料，以及水警和海军的动向情报。^[21]

在新开放条约港中，上海最为成功。位于中国最发达的长江口地区，上海旋即成为中国东部的贸易中心。^[22]与此同时，拥有良好外贸基础的广州继续成为中国南部的贸易中心，直到1856年广州十三行烧毁，外商才陆续迁到香港。

香港的航运于1850年代开始发展。进港船只数目由1851年的1,082艘（共计377,084吨），上升至1859年的2,179艘（共计1,164,640吨），只在1857年因英法联军之役而短暂下跌。^[23]船只数量上升证明贸易有所发展。香港的入口商品除了鸦片外，还包括琥珀、槟榔、樟脑、棉花、皮草、大米、肥皂、葡萄酒及羊毛制品；出口货品则有竹制品、瓷器、珍珠、家具、象牙制品、漆制品、丝、茶叶、爆竹等。^[24]航运及贸易显著增长的成因有数个。首先，华人人口增长（1859年人口增至86,941）令本土贸易上扬。其次，红巾军于珠江三角洲地区的叛乱逼使富有家庭迁往香港，为香港带来发展贸易所需的资金与人才。1849年加州及1851年澳洲的淘金热，则令大量华工在1850年代前往海外金矿工作。^[25]此外，北美的铁路建设工程，以及东南亚与拉丁美洲的锡矿开采与橡胶种植，均需大量华工。航运业在1850年代末期的增长很大程度上源于有利可图但臭名昭著的苦力贸易。鉴于苦力在船上受到的恶劣对待广受关注及批评，殖民地政府最终在强大压力下通过连串条例以改善有关情况。苦力贸易因而转至澳门及其他地方经营。

与此同时，移居海外的华人仍坚持其原有的生活习惯，促使不少中国产品经香港转口到海外的华人社区，而外国货品亦经香港运到中国内地，南北行贸易应运而生。^[26]日本、韩国及暹罗（泰国）的开放带来了更多贸易机会。在航运业持续发展下，香港逐渐确立转口港的角色，并带动了造船、修船、船只补给、仓库及码头等行业发展。