现时并无文件记录1841至1868年间船政厅辖下政府船只的数量及人员编配。不过，由于船政厅一向负责维持海上治安，普遍相信船政厅辖下有数艘船只执行日常任务。有关船政厅辖下政府船只的官方记录始于1868年，记载在列有殖民地政府职员名单的蓝皮书中。第一艘载于1868年蓝皮书的政府船只是船政厅辖下一艘炮艇，船员包括一名负责官员、一名海员、一名管事、一名工人和四名中国水手。^[5]

1869年的蓝皮书记录了船政厅辖下的第一艘蒸汽船布兰奇号 (Blanche)。布兰奇号由黄埔船坞旗下的于仁船坞公司建造，是一艘经特别设计的炮艇，用以打击海盗。该船船员包括轮机长、副轮机长和火工各一名。布兰奇号为船政厅服务了四年，于1873年转交卫生署。船政厅随即要求殖民地政府建造一艘新的蒸汽船取代布兰奇号。新的维多利亚号 (Victoria)于1874年完工，并转交船政厅执行任务。^[6]

由于香港贸易急速发展，加上英国于1898年正式租借新界，船政厅遂要求殖民地政府购置更多船只，以满足不断上升的服务需求。自1898年至1920年代初，船政厅辖下的政府船只数量由1898年的三艘，上升至1923年的九艘。其中于1900年建造的史丹尼号 (Stanley) 对船政厅的发展尤为重要。该船是船政厅辖下第一艘蒸汽补给船，主要在新界区执行任务，船员包括船长、水手长、舵手、轮机长、加油员、厨师、学徒、两名火工和三名水手。^[7]史丹尼号为船政厅服务至1930年。